Genital bölgede siğil ilaç tedavisi  seçenekleri de vardır. Genellikle genital bölgede siğil tedavisi için ilk tercih yakma yani koterizasyon, dondurma yani kriyoterapi ve lazer tedavisi olmaktadır.

Genital bölgede siğillerin  tedavisi ilaç tercih edildiği zaman ilaç seçenekleri ve ilaçların kullanımı aşağıdaki gibidir,

Podofilin (%20’lik benzoin içinde %25 lik preparatı) podofilatoksin (%0,5 solüsyon Condylox), bikloroasetik asit veya trikloroasetik asit (%80-%100 solüsyon) dikkatli şekilde siğillere uygulanmalıdır, komşu deri korunmalı ve ilaç, yıkanmadan önce 30 dk ile 4 saat lezyonlarda kalmalıdır. Birçok topikal tedavi ile lezyonların gerilemesi 2-4 gün alır. Gerektikçe tedavi 7-14 günde bir tekrarlanır. Hastalar podofilox’u kendi uygulanabilir (%0.5 solüsyon veya jel, bid 3 gün) ya da Imiquimod (%5 krem, Aldara, 3 kez haftada, toplam 16 hafta). Podofilin toksititesini sınırlamak için uygulama toplamda 0,5 ml ve 10 cm² lik alanı geçmemelidir. İmiquimod vulvadan sabah temizlenmelidir (6-10 saat sonra).

Erkekte genital bölge siğil tedavisinde olduğu gibi kadında genital bölge siğillerin tedavisinde  bilinen lokal ilaçlar ile çözüm bulunamaz ise nadiren de olsa alternatif son seçenek tedavi şekilleri vardır. 5- fluorourasil %1 %5 krem ile tedavi primer tedavi veya servikal ya da vajinal lezyonlara (ödem, eritem veya vezikülasyon oluşana kadar günlük uygulanır). Ek tedavi olarak uygulanabilir. Aşı dinitroklorobenzen ve interferon savunulmuştur ancak klinik pratikte belirgin yer bulamamışlardır.

Genital bölge hpv tedavisinde tedavi şekline  bu işlemi yapacak olan doktor siğillerin yerine, tipine yaygınlığına, yapısına ve hastanın genel durumuna göre karar vermektedir